PCRTで治療のターゲットとなる「脳の誤作動」とは、身体の「働き」を悪くするパターンです。通常、五感などを通じてインプットされた様々な入力情報は、脳の中で処理され、神経回路を通じて出力情報としてアウトプットされ健全な働きを営みます。
身体の働きや、メンタル系に異常をもたらす脳の誤作動は、特に無意識の脳と密接に関係しており、自動的にパターン化された症状を繰り返す傾向があります。脳は常に様々な情報を入力して処理し、自動的に出力を繰り返しています。
 

正常であれば外部と内部との情報交換を健全に行うわけですが、脳にとって「心地よくない不適応（不一致）な情報」や「過剰な情報」や「過少な情報」に触れると、身体に様々な症状を引き起こさせる誤作動の神経経路を構築させ、脳内で記憶化されます。そのような不適応な学習記憶によって生じた異常なインプット（入力）とアウトプット（出力）の神経回路を「脳の誤作動」と表現しています。
また、「誤作動」を引き起こす一連のプロセスやプログラム化を「脳の誤作動記憶」とよんでいます。その「誤作動記憶」は主に自律神経系や免疫系、内分泌系をアンバランス状態にして、身体に様々な慢性症状を引き起こす原因になります。

身体をコントロールしている脳・神経系の誤作動は、各部位の筋力検査や可動域検査などで体感することができます。PCRTでは「神経系」以外にも「生体エネルギー系」や「メンタル系」に関係する脳の誤作動も検査して治療を行っています。